一、云南瑞丽长期静脉吸毒人群人免疫缺陷病毒1型感染者毒株env V3区序列测定（论文文献综述）
姚亚萍[1]（2013）在《浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究》文中认为为了解浙江省HIV-1毒株的亚型分布、传播特征和流行趋势,我们在2004-2011年间募集部分HIV-1抗体阳性病例,采集静脉抗凝全血,提取前病毒DNA或病毒RNA,通过基因扩增、序列测定,获得HIV-1gag和pol基因片段。运用Mega等软件构建Neighbor-Joining系统进化树,分析基因亚型和遗传多样性;运用Simplot和RIP等软件分析新发重组毒株的重组断点；运用Bayesian系统进化分析并结合流行病学资料,探讨浙江省CRF01AE毒株的起源、传播和流行趋势。研究表明,流行早期,HIV-1通过异性性接触途径传播进入浙江,进而播散流行,从高危人群向一般人群扩散；近几年,男男性行为人群中的HIV-1播散快速,成为浙江省最主要受累群体。浙江省内流行毒株亚型多样,来源复杂,主要毒株类型为CRF01AE、CRF07BC、CRF08BC和B’（B）,约占93%。但也存在C, G. CRF02AG, CRF06CPX等其他类型以及01B新发重组毒株（3个病例）和CRF07BC/08BC再重组毒株（5个病例）,表明浙江HIV流行毒株类型复杂,疫情活跃,感染不同毒株的高危人群间存在交叉现象。这些特征符合浙江省艾滋病疫情多种途径、多种来源、以性接触传播为主的传播流行方式。从基因距离和Neighbor-Joining系统进化树判断,B亚型最早进入浙江,然后是B’、CRF01AE、 CRF08BC、CRF07BC。Bayesian系统进化分析显示,CRF01AE毒株1998年前后传播进入浙江,通过异性性接触和男男性行为进行广泛播散,并逐步成为浙江省的优势毒株。系统进化分析提示浙江与广西、江西和安徽等省病例具有直接或间接流行病学关联性。动态分析表明浙江省HIV疫情活跃,流行毒株复杂。浙江应加强与江西、安徽等周边省份联系,制定针对重点人群的预防和干预措施,提高防控效率,控制疫情蔓延。
宋艳辉[2]（2007）在《我国HIV-1主要流行地区B’亚型与CRF07BC重组毒株遗传变异分析》文中认为我国中部地区河南及其周边省份的既往献浆员人群（former plasma donations，FPDs）和西南西北地区的静脉吸毒人群（intravenous drug users，IDUs）是我国HIV传播过程中主要的高危人群。我国正面临着HIV-1通过多种传播方式由高危人群向普通人群扩散的危机。为了解我国HIV-1毒株的流行状况，我们于2003年8月至2005年9月分别在河南、山西、四川和新疆等地采集了508份HIV-1阳性样本，经巢式PCR扩增及纯化、测序，得到的序列通过GCG软件包和国际HIV分子生物学网站提供的在线分析工具对得到的序列进行了基因型、遗传多样性，氨基酸序列、抗原表位、N-糖基化位点以及辅助受体进行了分析。在本研究中我们分析了gp120、gag、nef和tat基因的全长序列，主要结果如下：1)遗传多样性。河南和山西地区的既往献浆人群中流行的HIV-1毒株的主要亚型为B’亚型，在四川和新疆的静脉吸毒人群中流行的HIV-1毒株为CRF07BC重组模式。B’亚型与CRF07BC毒株中C3区段的遗传多样性高于其他保守区；河南和山西地区B’亚型毒株中V1，V4区的差异显着；B’亚型毒株gag基因变异较大的区段是P17区段，CRF07BC毒株中则为P1P6区段。2)特征性氨基酸。我们对B’亚型毒株的gp120，gag和tat基因以及CRF07BC重组毒株的gp120，gag，tat和nef基因的地区性特异性氨基酸位点进行了确认。3)V3环顶端四肽和N-糖基化位点以及辅助受体结合位点的变化。B’亚型毒株V3环顶端四肽存在6种不同的基序，GPGQ占43.59％，而CRF07BC重组毒株V3环顶端四肽存在着4种类型，GPGQ所占比例为96.06％。B’亚型毒株V3环N-糖基化位点的丢失率高于CRF07BC。在B’亚型毒株中，可能使用CCR5作为辅助受体的占14.1％，在CRF07BC亚型毒株中，可能使用CCR5作为辅助受体的占86.7％。4)抗原表位。河南和山西地区B’亚型毒株与中和表位的完全一致率较低，与CTL抗原表位的完全一致率较高。5)P6区段缺失。在新疆地区CRF07BC病毒P6区段的中部区域出现了高频率的1-13个氨基酸的缺失，在CD4+和病毒载量方面，有缺失和没有缺失的毒株之间没有明显的区别。由上述结果，我们可以得出以下结论：1)不同亚型的毒株在不同的高危人群中持续传播，导致HIV-1毒株在特定的高危人群中特异性的流行趋势。相同亚型毒株的遗传多样性与特定地区毒株的流行时间相关。C3区段在保守区段中变异程度最高，V3区段在可变区段中最保守。2)不同地区流行的具有独特特点的毒株可能是由于特异性的祖先株产生的奠基者效应导致的，还可能是由于传播过程很少出现省与省之间毒株的交叉传播。3)与CRF07BC重组毒株相比，B’亚型毒株由于V3环的多样性和N-糖基化位点的丢失率较高，B’亚型毒株可能会受到更强有力的免疫压力作用。4)我国B’亚型毒株与已知中和抗体表位的一致性较低，与已知CTL抗原表位的一致性较高。5)CRF07BC重组毒株Gag基因P6区段1-13个氨基酸的缺失对病毒复制能力和病毒载量的影响不明显。
韦焘[3]（2018）在《云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析》文中提出目的检测HIV-1亚型和原发性耐药,有助于了解HIV疫情及其动态变化、HIV感染者/艾滋病患者治疗、HIV疫情控制,具有重要的公共卫生与临床意义。云南边境地区关于HIV-1亚型、原发性耐药的研究报道较为零散,尚待进一步完善。因此,全面了解云南边境地区HIV-1亚型和原发性耐药具有重要意义。本研究调查云南省与缅甸、老挝、越南交界的德宏傣族景颇族自治州（德宏州）、西双版纳傣族自治州（版纳州）和红河哈尼族彝族自治州（红河州）新确诊的HIV感染者的HIV-1亚型、原发性耐药基因突变位点的种类和分布,并对中国籍和外籍感染者的数据进行对比分析,为云南边境地区艾滋病预防和治疗提供依据。方法在云南边境地区的德宏州、版纳州和红河州,通过筛查、过境检测、医院实验室检测等手段,在2015年11月1日至2016年10月31日期间,连续纳入150名缅甸、老挝或越南籍进入云南的新确诊HIV感染者;以县/市为单位在同一地点、同一时段纳入150名中国籍新确诊HIV感染者。所有研究对象在知情同意的情况下由经过统一培训的当地疾病预防控制中心专业人员采集血样,并进行面对面问卷调查,内容包括人口学信息和与HIV感染相关的其它信息。对血样通过HIV-1 RNA提取、RT-PCR、巢式PCR扩增env和pol部分基因区、PCR扩增产物电泳鉴定和测序、序列分析等程序进行HIV-1亚型和原发性耐药基因突变检测,以斯坦福大学HIV耐药数据库中监测相关耐药基因突变位点清单（2014年）判断耐药基因突变位点,利用基于斯坦福大学HIV耐药数据库的APP检测耐药种类及耐药水平。采用χ2检验探讨原发性耐药是否与HIV-1亚型存在关联,探讨感染者HIV-1亚型、原发性耐药与人口学特征、感染者发现方式、传播途径、多性伴和全程使用安全套是否存在关联,探讨多性伴、全程使用安全套与国籍、传播途径是否存在关联。采用Logistic回归模型分析感染者人口学特征、感染者发现方式、传播途径、多性伴、全程使用安全套是否与HIV-1亚型、原发性耐药有关联,以P<0.05作为评判是否有统计学意义的标准。结果1.云南边境地区新报告HIV感染者多性伴及安全套的使用情况1.1新报告的300名HIV感染者中,256人回答了确诊HIV感染前6个月内性伴数量,结果有23.8%（61/256）的人有多性伴。其中,中国籍多性伴比例为18.9%（25/132）,外籍多性伴比例为29.0%（36/124）,两者差异无统计学意义（χ2=3.588,P=0.058）。1.2新报告的300名HIV感染者中,208人回答了确诊HIV感染前6个月内安全套的使用情况,结果显示有25.5%（53/208）的人全程使用安全套。其中,中国籍安全套全程使用率为36.2%（38/105）,外籍安全套全程使用率为14.6%（15/103）,两者差异有统计学意义（χ2=12.808,P=0.000）。2.云南边境地区HIV-1基因型2.1 云南边境地区 HIV-1 基因型以 CRF01AE（30.0%,68/227）、URFs（26.9%,61/227）、CRF08BC（21.6%,49/227）为主,其它基因型包括 C 亚型（10.1%,23/227）、CRF07BC（6.2%,14/227）、B 亚型（3.1%,7/227）、CRF5501B（1.3%,3/227）、A亚型（0.4%,1/227）和 CRF64BC（0.4%,1/227）。URFs 包括 B/C（15.0%,34/227）、CRF01AE/C（4.8%,11/227）、CRF01AE/B/C（4.4%,10/227）和 CRF01AE/B（2.6%,6/227）。2.2中国籍和外籍HIV-1基因型种类和分布不同。中国籍感染者检测到了 9种 HIV-1 基因型,其中 CRF08BC（32.1%,34/106）、CRF01AE（22.6%,24/106）和URFs（20.8%,22/106）位居前三。外籍感染者检测到了 6种HIV-1基因型,其中 CRF01AE（36.4%,44/121）、URFs（32.2%,39/121）和 C 亚型（14.0%,17/121）排前三位。中国籍和外籍HIV-1基因型分布差异有统计学意义（χ2=31.526,P=0.000）。2.3德宏州边境地区HIV-1基因型种类复杂,URFs是首位的基因型,占39.5%（58/147）,版纳州CRF08BC（55.2%,16/29）是首位的基因型,红河州CRF01AE（60.8%,31/51）是首位的基因型。德宏州与版纳州（χ2=45.396,P=0.000）、德宏州与红河州（χ2=57.505,P=0.000）之间的 HIV-1亚型分布差异有统计学意义。版纳州与红河州之间的HIV-1亚型分布差异无统计学意义（χ2=8.481,P=0.050）。2.4德宏州的中国籍异性性传播感染者以URFs（28.3%,13/46）和CRF07BC（19.6%,9/46）为主,缅甸籍异性性传播感染者以URFs（31.4%,16/51）和CRF01AE（31.4%,16/51）为主,其分布差异有统计学意义（χ2=18.490,P=0.005）。2.5与其它基因型（包括B亚型、C亚型、CRF07BC、CRF5501B、CRF64BC、A亚型）相比,中国籍感染者比外籍感染者携带CRF01AE的可能性小（中国籍:OR=0.392,95%CI:0.167～0.920）,工人感染者比其它工种的感染者携带CRF08BC的可能性小（工人:OR=0.073,95%CI:0.006～0.831）,异性性接触传播感染者比静脉吸毒传播感染者携带URFs的可能性小（异性性接触传播:OR=2.653,95%CI:1.016～6.927）。3.云南边境地区HIV原发性耐药3.1云南边境地区HIV原发性耐药率为9.5%（17/179）。其中,中国籍感染者的原发性耐药率为13.6%（11/81）,外籍感染者的原发性耐药率为6.1%（6/98）,两个人群的原发性耐药率均处于中等水平（5.0%～15.0%）,其差异无统计学意义（χ2=2.870,P=0.090）。3.2德宏州、版纳州和红河州的HIV原发性耐药流行率分别为8.8%（10/114）、7.4%（2/27）和 13.2%（5/38）,均居中等水平（5.0%～15.0%）,其差异无统计学意义（χ2=0.866,P=0.751）。3.3德宏州边境地区中国籍感染者携带耐药株的比例（15.9%,7/44）高于缅甸籍感染者（4.3%,3/70）（χ2=4.561,P=0.044）。3.4原发性耐药基因突变位点涵盖三类抗病毒药物。NNRTIs的耐药基因突变位点为:K103N、Y181C、K101E、G190A、V106M 和 P225H。其中,K103N和V106M对EFV、NVP高度耐药,Y181C和G190A对NVP高度耐药,P225H对EFV、NVP中度耐药,G190A对EFV中度耐药。NRTIs耐药的基因突变位点为:M184V、K65R、T215S、V75M、L74I 和 K219Q。其中,M184V对FTC和3TC高度耐药,K65R对TDF高度耐药,但对ABC、FTC、3TC中度耐药。PIs的耐药基因突变位点为:L24I、L76V、L90M和M46I,未见对ATV/r、DRV/r、LPV/r高度耐药的突变位点。3.5中国籍感染者携带的耐药突变位点种类比外籍感染者多,共有11个。其中,耐 NNRTIs 突变位点有 K103N、P225H、V106M 以及 K101E,耐 NRTIs突变位点有 M184V、L74I、K65R 以及 K219Q,耐 PIs 的有 L24I、L76V、L90M三个位点。外籍感染者携带的耐药突变位点有6种,耐NNRTIs突变位点有 K103N、Y181C 以及 G190A,耐 NRTIs 突变位点有 T215S 和 V75M,耐 PIs的有M461。两个人群共同携带的耐药位点是K103N（耐NNRTIs）,对EFV、NVP均高度耐药,其余的都不一样。3.6各亚型中的耐药比例由高到低分别为CRF5501B 33.3%（1/3）、CRF07BC 20.0%（1/5）、CRF01AE/B 20.0%（1/5）、CRF01AE 16.7%（9/54）、B/C 8.8%（3/34）和 CRF08BC 7.7%（2/26）。其中,中国籍耐药基因型占比由大到小分别是 CRF01AE/B 50.0%（1/2）、CRF550IB 33.3%（1/3）、CRF07BC 25.0%（1/4）、CRF01AE 21.1%（4/19）、B/C 12.5%（2/16）和CRF08BC 9.1%（2/22）。外籍耐药基因型占比由大到小分别是CRF0 1AE 14.3%（5/35）和 B/C 5.6%（1/18）。3.7在得知自己感染HIV前的6个月里,17例原发性耐药个体中3人（17.6%）有多性伴,其中2人为中国籍,1人为外籍;8人（47.1%）有不使用安全套的性行为,其中中国籍和外籍各占一半;5名（29.4%）携带高度耐药基因位点的感染者有不使用安全套的性行为,其中中国籍为2人,外籍为3人。3.8检出原发性多重耐药基因突变位点。1名中国籍HIV感染者测出耐NRTIs（K65R 和 M184V）和 NNRTIs 突变位点（K103N 和 P225H）。1 名越南籍HIV感染者,检出耐NRTIs（V75M）和PIs（M46I）突变位点。结论1.云南边境地区HIV感染者在确诊前传播HIV风险大云南边境地区HIV感染者在得知自己感染状况之前,多性伴比例较高,全程使用安全套比例低,HIV传播风险大。云南边境地区中国籍感染者安全套全程使用率低,外籍感染者安全套全程使用率更低。2.云南边境地区HIV-1基因型种类多,分布特征复杂2.1云南边境地区中国籍感染者中HIV-1基因型的种类比外籍感染者多,包括流行在云南省中东部地区的CRF08BC和CRF07BC,也有流行于中国东部男男性接触人群的CRF5501B。2.2德宏州边境地区无论是中国籍还是外籍感染者,无论是异性性接触传播途径还是静脉吸毒传播途径,URFs的比例均比较高,与缅甸北部地区较高的URFs占比相似。2.3红河州边境地区的CRF01AE成为首位的基因型,越南籍感染者中CRF01 AE占第一位,中国籍感染者中CRF01 AE虽居第二,但与CRF08 BC的差距不大。这反映了红河州边境地区与邻近的越南,在HIV传播上有融合的趋势。2.4版纳州男男性接触人群的比例较大,CRF08BC的比例高于其他地区该人群的比例,提示该地区男男性接触人群可能相对独立。3.云南边境地区HIV原发性耐药流行率达中度水平3.1德宏州、版纳州和红河州边境地区的耐药株流行率都到达了中度水平（5%～15%）。3.2超过半数携带原发性耐药基因突变位点的感染者对NNRTIs中的EFV和/或NVP高水平耐药。4.需进一步加强云南边境地区HIV防控4.1仅25.5%的HIV感染者在得知自己感染HIV之前的6个月内,性生活中使用安全套,传播HIV及耐药基因突变的风险大,提示需在大众人群中进一步加强艾滋病防治宣传及推广安全套的使用。4.2部分外籍感染者在云南边境地区也存在传播原发性耐药基因风险,需与邻近国家相关部门加强合作,共同管控HIV感染者。4.3在得知自己感染HIV前的6个月里,携带原发性耐药基因的感染者中,17.6%的人有多性伴,47.1%的人得知自己感染HIV前有不使用安全套的性行为。因此,有必要探索原发性耐药的有效筛查途径,对携带耐药基因的HIV感染者/AIDS病人进行个性化管理,积极开展早期抗病毒治疗,进一步加强HIV预防。4.4需警惕初治患者对EFV和NVP高水平原发耐药风险,有条件者在抗病毒治疗前可考虑做耐药检测,用于指导临床用药。
陈立力[4]（2011）在《云南和广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化研究》文中认为云南和广西位于我国西南边陲,是我国HIV-1疫情最严重的地区。截止2010年底,两地累计报告感染人数分列全国的第一和第二位。云南省是我国HIV-1流行的发源地,流行毒株的基因亚型很复杂,且处在动态改变的过程中,从最初出现的B（B’）亚型,到印度C亚型的传入,再到CRF01AE从泰国传入,以及CRF07BC和CRF08BC的大量出现而B（B’）和C亚型却在逐渐消失,这些亚型的起源、传播、流行甚至消失所经历的一系列变化,至今仍知之甚少。广西是目前我国艾滋病疫情上升最快的地区,早期主要是在静脉吸毒人群（IDUs）中流行,毒株亚型以CRF08BC为主,但近年来HIV-1迅速从IDU人群向性传播人群扩散,流行的亚型也出现CRF01AE增多的趋势,呈现B（B’）、C、CRF08BC和CRF01AE同时流行的态势。云南和广西东西相邻,同为少数民族聚集区,与之接壤的东南亚国家（泰国、缅甸、越南等）都是HIV-1高度流行的地区,相似的地理位置和社会人口状况,使得两地的HIV-1流行有着紧密的联系。在云南和广西进行HIV毒株的遗传多样性和进化研究,全面、系统地揭示毒株的基因变异和分子进化特征、阐明两地流行毒株之间的关系,对于云南和广西乃至全国艾滋病流行形势的分析、抗HIV药物和疫苗研发等都具有重要意义。本文收集了近2年内确认的分布于云南15个地市的788例和分布于广西13个地市的294例HIV-1感染者的血液标本,通过对毒株gag、pol全长和env C2V3基因的扩增和测序以及部分毒株的全长基因扩增测序,利用MEGA 5.03、BEAST v 1.5.4等多种软件工具和在线分析工具,分析了云南和广西HIV-1流行毒株的变异特点及两地毒株之间的传播和进化关系。一、建立HIV-1 gag、pol全长和env C2V3基因的扩增和测序方法,并对采集的标本进行扩增测序:1、设计扩增和测序引物,优化反应条件,从血标本中提取病毒RNA,采用RT-PCR方法扩增全长gag（1584bp）和pol（3147bp）基因和部分env C2V3基因（558bp）。将gag和pol基因区的序列连在一起,作为一个完整的基因区（gag-pol）（HXB2:790-5096）进行分型分析。2、对标本进行扩增和测序:在云南的788份标本中,gag基因区扩增成功700例、pol基因区扩增成功666例、env C2V3基因区扩增成功692例;在广西294份血浆标本中,gag基因区扩增成功285例、pol基因区扩增成功274例、env C2V3基因区扩增成功283例。病毒载量对扩增成功率有显着影响。二、云南省HIV-1毒株的基因变异和进化特征1、云南省HIV-1毒株的基因亚型及分布:（1）云南省流行的HIV-1毒株种类多样,按照构成比大小依次为CRF08BC、CRF01AE、CRF07BC、未知重组型及C亚型和B（B’）亚型。（2）云南各地HIV-1毒株的分布不同,大致可分为4种:a)以临沧为代表,包括邻近的保山和大理:以CRF08BC为主,占到70%以上,而CRF01AE仅为1/6或更少;b)德宏地区:CRF08BC与CRF01AE的构成比类似,各约占1/4,未知重组型则占到1/3;c)西双版纳和普洱地区:CRF01AE稍多于CRF08BC,二者占到了80%以上;d)昆明和红河地区:CRF08BC比CRF01AE的比例大,CRF07BC所占的比例（分别为18.0%和19.5%）较高,且均有部分未知重组型。（3）未知重组型在少数民族中的所占的比例（17.0%）显着高于在汉族中的比例（6.7%）（P<0.01）。（4）在两种主要传播途径—异性性接触和IDUs中,亚型分布具有显着差异（P<0.01）。在异性性接触途径中,CRF08BC和CRF01AE占主导,分别为52.7%和29.1%,而在IDUs中,CRF08BC亦占到一半,未知重组型和CRF07BC的比例一样,均为15.5%,但CRF01AE仅为5.4%。2、CRF08BC毒株的系统进化特征:（1）异性性接触人群及IUDs人群均未发现同一地区序列完全聚集的现象,表明CRF08BC流行毒株在云南的传播几乎没有地区局限性;（2）在异性性传播人群中,CRF08BC在临沧地区分布较散,与其它地区人群的毒株交叉较多,但有一个相对分开的包括其他5个地区的进化簇,以西双版纳的毒株最多,提示西双版纳的异性性传播人群中可能存在相对临沧独立的人群。（3）在IDUs中,6条红河-IDUs和2条昆明-IDUs序列与广西、云南文山以及辽宁的参考序列聚集成簇,而广西的参考序列（97CNGX6F、97CNGX7F、97CNGX9F）是我国最早发现的CRF08BC毒株,表明红河和昆明的IDUs人群可能是云南最早与广西有传播关系的人群。云南其它地区的IDUs则完全散在分布在异性性接触人群中,系统进化树中没有超过3条序列聚集的情况,表明CRF08BC在云南IDUs人群中的传播没有明显的区域和人群聚集性。3、CRF01AE毒株的系统进化特征:云南的HIV-1 CRF01AE流行毒株在系统进化树中有三个明显的进化簇:簇1为9条临沧-异性性传播人群序列,与7条泰国历史参考株聚集;进化簇2为11条西双版纳-异性性传播人群的序列,与10条越南历史参考株和3条广西现代参考株聚集;簇3为9条西双版纳-异性性传播人群序列,与3条福建现代参考株聚集。其它地区的序列则交叉分散。从各地的流行时间推断,临沧地区的CRF01AE可能来自泰国,西双版纳地区的则可能来自越南,而广西、福建等地CRF01AE可能与西双版纳有传播关系。4、CRF07BC毒株的系统进化特征:42条CRF07BC gag-pol序列与参考株形成一个大簇,新疆2005年的参考株位于簇中,1997年的参考株株靠近簇的外侧。各地的流行毒株彼此交错,无明显聚集,异性性接触人群和IDUs也没有聚集成簇,表明CRF07BC在云南的流行传播无明显地区和人群聚集性。5、未知重组型的鉴定和分布:（1）共发现63株未知重组毒株,占10.2%。重组模式包括3种:B（B’）/C（47例）、CRF01AE/B（B’）/C（12例）和CRF01AE/C（4例）。鉴定出3组具有的相似重组断点的序列,绘制出各组的重组镶嵌模式图。（2）未知重组毒株的分布:传播途径方面以异性性接触（30例）和IDUs（19例）为主。在IDUs中占的比例为15.5%,显着大于异性性传播人群（7.75%）（P<0.01）。在重组模式方面,在IDUs中几乎全是B/C重组（18/19）,而在异性性传播人群中CRF01AE/B（B’）/C和CRF01AE/C模式占到了40%（11/28）;在地区分布方面,德宏地区的未知重组型最多,占总数的一半,且大部分集中在IDUs人群中;昆明及邻近的红河未知重组型主要分布在异性性传播人群;在感染人数最多的临沧地区未知重组型却非常少。6、gag-pol序列和env C2V3序列的基因离散率和选择压力:（1）gag-pol序列的基因离散率,B（B’）亚型最大（6.15±2.00）%,然后从大到小依次为C亚型（3.09±0.94）%,CRF01AE（2.19±0.36）%,CRF07BC（2.77±0.48）%,CRF08BC最小（1.17±0.31）%。各亚型中gag序列的基因离散率均大于pol序列。在gag基因的编码区段中,各个亚型有相同的规律,即P17与P2P6区段的基因离散率较大,P24区段较小;在pol基因的编码区段中,各个亚型的大小规律有一定的差异。各亚型env C2V3序列的基因离散率均比gag-pol序列大。（2）gag-pol序列所有编码区段的globleω（dN/dS）均<1,受到负向选择压力,各亚型中P17区段的globleω值最大（0.50±0.05）,P2P6区段次之（0.36±0.03）,其余区段的globleω值均较小。env C2V3序列的globleω值在各亚型中均接近1。无论gag-pol序列env C2V3序列,各亚型之间受到的选择压力均相似。7、env C2V3序列的V3环顶端四肽和辅助受体预测:（1）B（B’）亚型流行毒株的V3环顶端四肽主要以GPGR为主,所占比例为94.7%,而C亚型（CRF07/08BC）和CRF01AE则以GPGQ为主,所占比例分别为97.8%和76.5%,CRF01AE的顶端四肽模式多达6种,相对其它亚型更为复杂。（2）B（B’）亚型流行毒株中可能使用CCR5辅助受体和CXCR4辅助受体的毒株几乎各占一半,而C亚型（CRF07/08BC）和CRF01AE流行毒株则都可能以使用CCR5辅助受体为主,所占比例分别高达98.3%和88.6%。三、广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化特征1、广西HIV-1毒株的基因亚型及分布:（1）广西流行的HIV-1毒株种类多样,按照构成比大小依次为CRF01AE、CRF08BC、CRF07BC、未知重组型、B（B’）亚型、G亚型。（2）毒株的传播途径分布,CRF01AE在三种主要传播途径中均占优势,在异性性传播占79.5%、在IUDs占58.8%、在同性性传播占71.4%。在异性性传播人群中还有大量CRF07BC、CRF08BC、B（B’）和未知重组型。三种感染途径的亚型构成有显着性差异（P<0.01）。（3）异性性传播是广西最主要的HIV传播途径,在这个人群中CRF01AE毒株的比例在10个地区都超过80%,在4个地区为100%,仅在南宁、钦州和百色为50-60%。异性性传播人群中CRF07BC和CRF08BC仅占6.3%和10.6%,其中CRF07BC绝大部分在南宁,CRF08BC则主要分布在南宁和崇左。2、CRF01AE毒株的系统进化特征:在系统进化树上,按照N>3,Bootstrap值>70%的原则,发现CRF01AE毒株形成2个较大的进化簇（簇1、簇2）和2个较小的进化簇（簇3、簇4）。簇1中没有国外的参考序列,簇中广西和福建参考序列都是年代较近的序列,而簇2中的参考序列大部分为越南早期的序列,而3条广西参考株包括了1997年最早在广西发现的参考株（97CNGX2F）,由此推断,簇1中的流行毒株可能源自国内,而簇2中的流行毒株可能源自越南。3、CRF07BC、CRF08BC和B（B’）亚型的系统进化特征:CRF08BC毒株以来自南宁地区为最多,通过系统进化树分析,发现其它地区的毒株序列均与南宁的毒株序列聚集在一起;CRF07BC的进化簇也以南宁的序列占优势,其它地区的序列与之聚集,其中有一个由8条来自南宁异性性传播人群的序列聚集在一起的进化簇,表明南宁可能存在CRF07BC毒株的局部流行。4条B亚型序列中,河池的2条序列与泰国B亚型参考序列聚集,而且这两条序列形成了一个Bootstrap值为99%的进化枝,表明二者很大可能为传播关系。4、未知重组毒株的分析:共发现7株未知重组型毒株,占2.6%。7株中有6株以CRF01AE为母株与B和（或）C亚型毒株重组,其中01AE/B重组3条,01AE/C重组1条,01AE/B/C重组2条,与CRF01AE是当前广西地区流行的主要毒株有关。还发现了1例在gag-po l区由CRF07BC和CRF08BC毒株重组形成的的二代重组毒株,基因序列分析显示该毒株是以CRF07BC为骨架,在pol区有两段794bp和782bp的CRF08BC片段插入。5、gag-pol序列和env C2V3序列的基因离散率和选择压力特征:（1）gag-pol序列的基因离散率,B（B’）亚型最大（4.41±2.18）%,然后为CRF08BC（2.72±0.52）%,CRF07BC（2.37±1.04）%,CRF01AE最小为（2.09±1.16）%。除B（B’）亚型外,其它亚型中gag序列的基因离散率均大于pol序列。在gag基因的编码区段中,P17与P2P6区段的基因离散率较大,P24区段较小,在pol基因的编码区段中,各个亚型的大小规律有一定的差异。各亚型env C2V3序列的基因离散率均比gag-pol序列大。（2）gag-pol序列所有编码区段的globleω（ω= dN/dS）均<1,受到负向选择压力,各亚型中P17区段的globleω值最大,P2P6区段次之,其余区段均较小。各亚型之间受到的选择压力均相似。6、env C2V3序列的V3环顶端四肽和辅助受体预测:（1）B（B’）亚型流行毒株的V3环顶端四肽主要以GPGR为主,所占比例为83.3%,而C亚型（CRF07/08BC）和CRF01AE则以GPGQ为主,所占比例分别为100.0%和71.2%,CRF01AE的顶端四肽模式多达7种,相对其它亚型更为复杂。（2）C亚型（CRF07/08BC）和CRF01AE流行毒株均以可能使用CCR5辅助受体为主,所占比例分别高达100.0%和91.5%。四、广西HIV-1主要流行毒株与云南毒株的传播关系及其起源时间云南和广西HIV-1流行毒株的基因亚型均以CRF01AE、CRF07BC和CRF08BC为主,但三种毒株在两地构成比却大相径庭。云南以CRF08BC为主,CRF01AE次之,CRF07BC较少,与之前的报道基本一致,表明云南的HIV-1流行亚型基本趋于稳定;而广西以CRF01AE占绝大部分,CRF07BC和CRF08BC则较少,亚型分布与之前的报道有较大差异,推测广西HIV-1流行亚型可能正在发生改变。本部分研究,通过系统进化的方法分析广西HIV-1主要流行毒株与云南流行毒株之间的关系,并运用Bayesian合并理论方法推断广西主要流行亚型的起源时间。1、广西与云南CRF01AE流行毒株的关系及传入时间:第二部分研究中,在广西CRF01AE流行毒株gag-pol序列系统进化树中,我们发现了2个较大的进化簇（簇A和簇B）。将这两簇序列与云南CRF01AE 110条序列以及51条参考序列一起,分别绘制系统进化树,发现广西的CRF01AE流行毒株其中的一簇很可能来自越南,与云南部分CRF01AE流行毒株有一定的传播关系,另一簇来源不明,与云南毒株存在传播关系的可能性较小。广西CRF01AE毒株簇A的gag-pol区段的进化速率为2.68×10-3(95%HPD 2.15-3.12×10-3)替换/位点/年。推算CRF01AE传入泰国的时间为1982.4年（95%HPD 1980.1-1986.3）,传入越南北部和广西的时间为1996.3年（95%HPD 1994.7-1997.0）。广西CRF01AE的簇A可能由福建传入,并可能存在多个时间点的传播事件,而且该簇毒株进入我国的时间要早于CRF01AE流行毒株从越南北部传入我国广西。簇B流行毒株gag-pol区段的进化速率为2.56×10-3(95%HPD 2.26-2.88×10-3)替换/位点/年,推测簇B毒株传入越南北部和广西的时间为1993.1年（95%HPD 1991.4-1995.1）。CRF01AE簇B株在1993年左右从越南北部传到与之接壤的我国广西崇左,以及邻近的北海、防城港和钦州地区,逐渐向中部的南宁扩散,在1996年左右传入河池地区。2、广西与云南CRF07BC流行毒株的关系:从进化树上可以看到,广西CRF07BC流行毒株形成了3个可靠的进化簇（Bootstrap值均为99%）,仅簇1同时有云南和广西的序列,但云南的毒株为偶发的职业暴露感染,簇2和簇3都为广西内部的序列聚集成簇,提示当前广西的CRF07BC流行毒株与云南的流行毒株存在直接传播关系的可能性较小。CRF07BC流行毒株gag-pol区段的进化速率为1.84×10-3(95%HPD 1.49-2.19×10-3)替换/位点/年。CRF07BC流行毒株进入广西的时间为1991.4年（95%HPD 1990.0-1994.6）。广西的CRF07BC流行毒株形成了3个较可靠（后验概率>0.7）的次级进化簇（簇1、簇2、簇3）。推测簇1中的毒株源于云南。簇2祖先株形成时间（tMRCA）为6.2年（95%HPD 4.7-7.0）、簇3祖先株形成时间tMRCA为5.8年（95%HPD 3.8-6.5）。推测广西CRF07BC流行毒株的起源时间在1991年左右,来源相对复杂,最早的来源可能为云南,而在南宁流行的部分毒株可能为2004年左右传入,来源尚不能确定。3、广西与云南CRF08BC流行毒株的传播关系:大部分广西CRF08BC序列均与广西1997年的参考序列聚集在一起,仅有少数序列与云南的序列聚集。推测云南的CRF08BC通过IDUs传入广西百色,由于奠基者效应,形成了与云南不完全相同的相对独立的流行。我国CRF08BC流行毒株gag-pol区段的进化速率为2.44×10-3 (95%HPD 2.10-2.78×10-3)替换/位点/年,起源时间为1993.0年（95%HPD 1990.3-1994.6）。广西CRF08BC流行毒株有22条与广西1997年的参考株聚集成簇（后验概率>0.7）,最近祖先形成时间（tMRCA ）即为CRF08BC传入广西的时间,为1997.3年（95%HPD 1996.1-1997.4）。该簇毒株与2000年云南文山和红河的参考株形成可靠的进化簇,可以推测,广西CRF08BC流行毒株由云南的文山、红河等地传入。另外,广西CRF08BC流行毒株大部分只与最早进入广西的参考株聚集,而与云南的CRF08BC流行毒株分开,再次提示CRF08BC进入广西后,由于奠基者效应,形成了相对于云南独立的流行。
管永军,陈钧,邵一鸣,赵全壁,曾毅,张家鹏,段一娟,Ｊｏｓｅｆ Ｋｏｓｔｌｅｒ,Ｈａｎｓ Ｗｏｌｆ[5]（1997）在《云南瑞丽人免疫缺陷病毒感染者gp120基因C2-V3区的序列测定和亚型分析》文中认为经套式聚合酶链反应（ｎｅｓｔｅｄ－ＰＣＲ）对１７份１９９５年初采集于云南瑞丽市人免疫缺陷病毒１型（ＨＩＶ－１）阳性静脉吸毒者外周血单核细胞（ＰＢＭＣｓ）的核酸样品进行扩增，从１７份样品中获得了ＨＩＶ－１膜蛋白（ｅｎｖ）基因的核酸片段，并对其Ｃ２－Ｖ３及邻区４５０个核苷酸序列进行了测定和分析。结果表明，１７份样品中存在Ｂ和Ｃ两种亚型的ＨＩＶ－１毒株序列，其亚型内的基因离散率分别为５８％和２２％，与Ａ－Ｅ参考亚型及部分Ｂ和Ｃ亚型代表株序列相比较，属Ｂ亚型的１２个毒株与包括泰国、缅甸及云南瑞丽代表株ｙｎ２８９在内的Ｂ亚型毒株序列十分接近，基因离散率在４４％～４９％的范围内；属Ｃ亚型的５个毒株则与主要代表印度Ｃ亚型毒株的共享序列ｃｃｏｎ及瑞丽Ｃ亚型代表毒株ｙｎ２７２十分相似，其基因离散率均为１９％。以上数据进一步确认我们的结论，即ＨＩＶ－１在瑞丽的流行以Ｂ亚型毒株为主、Ｃ亚型的传人和流行时间较短。对Ｂ亚型毒株Ｖ３环序列的分析还发现，位于Ｖ３环顶端的四肽序中ＧＰＧＱ占５０％，ＧＰＧＲ则仅占２５％，且编码其精氨酸（Ｒ）的密码子均为ＣＧＡ而不是ＡＧＡ。此结果与我们根据早期瑞丽ＨＩＶ－１毒株序列研究结果得出的推测?
孙佳[6]（2020）在《HIV基因变异研究及其在艾滋病防治中的应用》文中提出人类免疫缺陷病毒（HIV）的基因变异最快,在流行中出现具有特定人群和地区分布的亚型及流行重组株（CRF）。HIV基因变异是重要的研究领域,可分析HIV流行规律,构建分子网络确定传播关系,分析HIV表型变化,预测CCR5（R5）向CXCR4（X4）的嗜性转换,指导和提高疗效;因而在艾滋病防治中有着广泛应用。最近研究发现,不同HIV毒株及其流行簇患者的疾病进展速度不一,且约20%患者接受抗病毒治疗（HAART）后免疫重建不良。为此,提出HIV基因和表型差异可能影响HAART中免疫重建能力的假设,并在治疗队列中开展研究进行检验,发现免疫重建受阻的影响因素及其机理。本研究以HAART治疗队列和分子流调样本为基础,以HIV基因变异研究为切入点,开展HIV亚型及流行簇的基因和表型预测;以分子传播网络参数评价自述感染途径资料的准确性;使用多种方法系统分析患者免疫重建不良的影响因素和机制,包括亚型、流行簇及表型等影响因素。研究结果:对浙江大学附属第一医院674名患者的亚型分析发现,CRF01＿AE和CRF07＿BC分别占63.6%和18.4%。对CRF01＿AE的分簇研究发现,4簇为主（65.5%）,其次是1簇（14.7%）和5簇（8.2%）。研究中获得两条由CRF01＿AE和CRF07＿BC重组而成的新型毒株近全长基因序列。以来自全国分子流调的1805个样本作为研究对象,根据pol区序列构建分子网络,采用决策树模型分析,去除自报感染途径的干拢因素后,发现女性自报异性感染和男性自报同性感染的可信度很高,分别为100%和96.8%;男性自报异性感染的可信度低,仅为71.4%,错误率高达28.6%。研究显示通过引入传播网络和模型分析新参数,可显着提高流调数据精度和对疫情把控,进而促进了艾滋病的精准防控。建立674名感染者组成的队列,研究免疫重建状况及其影响因素。发现治疗前基线CD4细胞水平,HIV-1亚型及其流行簇,病毒嗜性可以显着影响免疫重建。BC患者的免疫重建水平显着优于CRF01＿AE患者。CRF01＿AE的5簇和4簇,好于1簇。发现这种差异在于CRF01＿AE及其1簇含有较多的X4嗜性病毒,造成细胞损伤和基线CD4细胞水平下降所致。进一步研究揭示特定氨基酸突变改变V3环电荷和PNGS数量,是病毒嗜性由R5向X4转换的物质基础。研究结论:CRF01＿AE和CRF07＿BC是浙江主要流行的HIV-1毒株。根据病毒基因变异距离构建分子网络,可追踪病毒传播链,校正被社会歧视压低的男男性传播自我报告,提高了流调数据的精准度。由于HIV-1基因变异导致的X4嗜性异化,CRF01＿AE及其1簇基线CD4细胞降低,其中出现免疫重建不良,应优先给予治疗以促进其免疫功能的恢复。浙江存在高比率CRF01＿AE毒株并持续产生新重组病毒,卫生部门应高度重视并加强监测。
辛若雷[7]（2009）在《四川和新疆HIV-1 CRF07BC遗传多样性和流行趋势研究》文中认为HIV-1 CRF07BC重组毒株是我国流行的主要HIV毒株之一,主要分布于静脉吸毒人群（intravenous drug users,IDUs）中。CRF07BC最初在四川和新疆IDUs中发现。了解四川和新疆流行CRF07BC毒株的个体和群体变异特征并分析其流行情况对于阐明该毒株免疫逃逸和适应性机制、分子进化等具有重要的科学意义和应用价值。本文选择四川和新疆HIV-1感染者,从个体和群体水平分析CRF07BC毒株的变异特征,探索其遗传动态变化并重建CRF07BC在四川和新疆的流行史。本文对四川和新疆22例CRF07BC感染者进行gag基因和gp120基因单基因组扩增和序列测定,分析个体内序列变异特征;选取2007-2008年从四川和新疆采集195例HIV-1感染者分析群体水平的遗传多样性特征。利用1996-2008年采集样本（四川108份,新疆216份）的env基因序列,进行贝叶斯合并理论方法重建CRF07BC在四川和新疆的流行史,并分析其遗传动态变化特征。对感染者体内病毒序列分析表明CRF07BC感染者血浆内毒株呈现复杂的准种变异。序列中存在不同的点突变和插入/缺失模式、以及个体内毒株间重组等造成氨基酸组成、N糖基化程度（gp120糖蛋白,18-34个N糖基化位点）和功能区长度多态性改变,在进化树上聚集成复杂的群体结构。CRF07BC毒株的高度变异性主要集中在gp120基因,尤其是4个高变环区（V1、V2、V4和V5）。总体上,V4/V5区平均两两比对基因距离（0.024-0.178）高于V1/V2区（0.012-0.117）,呈现出独立进化特征,但两者的氨基酸长度多态性存在微弱的正相关关系（r=0.359,P＜0.001）。个体内高度变异gp120基因中包含相对保守的功能区（V3区）,表现在长度多态性低、均使用CCR5辅助受体、顶端四肽为GPGQ;这可能是宿主微环境对CRF07BC的功能性选择和病毒适应性的结果。CRF07BC gag基因的遗传多样性主要集中在p17区和p2-p6区。43.6%流行毒株p6区存在7个氨基酸残基缺失突变;18%病例的p6区CTL表位存在3-12个氨基酸残基插入,脯氨酸（Pro）和丙氨酸（Ala）所占比例增加。这些插入/缺失突变造成蛋白结构和功能的改变,可能有助于病毒免疫逃逸和适应性增加。系统进化分析结果表明四川和新疆流行CRF07BC具有较高的遗传同源性,并起源于共同的祖先,总体上两省获得的序列交错分布,没有与地域、民族或样本采集时间相关的聚集倾向,仅在某些氨基酸位点上表现出与地域和民族相关联的氨基酸组成偏性。运用贝叶斯合并理论推断CRF07BC传入四川和新疆的时间分别是1994.0年（95%置信区间,1991.9-1995.7）和1995.0（95%置信区间,1993.7-1995.8）年。该结果符合CRF07BC从我国西南（云南）经由四川沿贩毒路线传入新疆的传播路线假说。CRF07Bc毒株进入四川和新疆后,大致分为三个流行阶段,包括病毒传入期（1994-1996年）、快速传播期（1997-2002年）和高水平流行期（2003-2008年）。在流行早期,CRF07Bc毒株具有较低的遗传多样性;随着流行时间的延长,群体流行CRF07BC毒株表现出较高的遗传多样性。现有的数据表明四川和新疆CRF07BC传播速率降低,有效感染群体接近饱和,流行毒株表现出较高的遗传多样性（gp120基因距离接近0.09）和较快的进化速率(7-8×10-3替换/位点/年);但CRF07BC感染仍然维持较高的流行水平,加强HIV/AIDS的防控势在必行。
苏莹珍[8]（2011）在《MSM人群HIV-1感染的影响因素及云南省HIV-1分子流行病学研究》文中研究表明研究目的：了解MSM人群对艾滋病预防相关知识及行为特点,HIV感染相关的因素及几种性传播疾病的流行特点,为有针对性地在全省开展艾滋病性病防制提供参考。研究云南省流行的HIV-1毒株的亚型及重组特征,对近年来新发感染率较高的MSM人群中流行的HIV-1毒株进行型特征及分子进化研究。研究方法：本研究采用调查问卷的方法对MSM人群性行为现状及其影响因素的现况调查。EpiData3.1双人录入,对数据进行逻辑纠错。对云南省2006年收集的HIV-1阳性样本进行以州市为单位分层随机抽样；应用巢式PCR分别对扩增HIV-1gag区和env区基因扩增,并将扩增产物测序,对测序结果进行分析整理后应用Mega、Simplot、Entropy、N-GlycoSite、VESPA、Wetcat等程序进行系统树构建、重组分析、氨基酸序列分析、N-糖基化位点分析、V3区特征及病毒辅助受体类型预测。使用SPSS15.0对数据进行统计分析。用非参数检验对不同组的各种特征的构成比进行比较。研究对象：昆明市最近6个月与同性发生过口交或肛交性行为,且同意接受问卷调查和HIV及其它几种传染性疾病血清学检测的成年男性。HIV阳性者纳入MSM HIV-1感染者进行分子特征分析。云南省2006年新检出的未经抗病毒治疗的HIV/AIDS病例为抽样总体,随机抽取样本进行研究。结果：共调查472例男男性接触者,同性恋272人,占57.6%；双性恋192人,占40.7%。年龄最小的18岁,最大69岁,平均年龄28.1±8.6岁,MSM人群年纪较轻,18-24岁及25-35岁的分别占43.2%（204人）和39.8%（188人）。未婚者共328人,占调查人数的69.5%；已婚有婚史及在婚者占19.1%（90/472）。受教育程度较高,高中或中专学历的共有148人,占调查人数的31.4%；大专及以上共有208人,占总调查人数的44.1%。该人群职业分布多元化,商业服务人员占35.4%,学生占16.1%,干部职员占12.7%。该人群收入主要介于1000元至2000元之间,占调查总人数的32.20%。调查对象汉族384人（81.4%）,其余包括白族、彝族、苗族等12个少数民族。该人群预防艾滋病相关知识知晓率较高,平均知晓率为94.9%,知晓率与调查对象学历相关,知晓率最高为大专及以上学历者（98.6%）,最低为小学及文盲73.7%。安全套使用率较低,最近一次与男性发生肛交时安全套使用率、6个月内每次均使用安全套比例分别为72.0%、47.5%。22.5%的人6个月内发生异性性行为,且与异性发生性行为时的安全套使用率低于发生同性性行为时。5.3%的人最近六个月内通过付钱的方式得到过男性性服务,其中83.3%的人每次都使用安全套；有4.6%的人为了钱提供过过男性性服务,仅有66.67%的人每次都使用安全套。MSM人群3.0%的人曾吸毒,但没有共用注射器现象。HIV、梅毒、HCV、HSV-2感染率分别为9.3%、6.6%、1.9%、16.3%；HIV及HSV-2的感染率较高。梅毒、HCV、HSV-2合并HIV感染率分别为29.0%、30%、9.1%,统计分析结果显示,感染梅毒或丙肝的MSM人群相对于没感染梅毒或丙肝的MSM人群更容易感染HIV病毒（p<0.05）。此外有61人在最近一年STI征兆,占调查人数的13%。影响HIV感染率的影响因素主要有：梅毒及丙肝感染状况、性取向、安全套使用频率、同性性行为商业性活动及职业教育状况等。290份样本来源于16个州市。研究对象平均年龄32±11岁,研究对象最小1岁,最大72岁；包括了静脉注射吸毒（IDU）、异性性接触感染者、母婴传播、MSM人群等各类人群,调查数据具有代表性。调查共发现13种亚型或重组型,其中CRF08BC毒株占39.1%,是云南最主要的流行毒株,其次为CRF01AE和CRF07BC毒株,分别占22.4%和18.9%。C亚型和B亚型毒株校正后分别为5.9%和4.5%,在云南已经较少流行。新重组毒株包括BC、01C、0801、C01、01BC、07-01、B01、BC01为本次调查新发现,合计占9.2%,成为云南第四大流行毒株；重组分析证实云南新重组形式较为复杂,推测新重组毒株为原来暴发流行时的衍生毒株或者在后来漫长的流行过程中由原来的流行毒株重组而成。在IDU人群主要以CRF08BC和CRF07BC为主（79%）；CRF01AE亚型主要在母婴传播感染者及异性接触传播感染者流行。云南HIV-1亚型在地区间的分布特征为：各州市发现的毒株亚型复杂,多样性更加丰富：全省有75%的州市（12/16）均发现有新重组毒株的流行,在西部地区德宏、丽江、怒江、保山和西双版纳所占比例较大,均超过了10%。三种主要亚型在不同性别、民族、年龄层中的分布没有显着差异。MSM人群中流行HIV-1毒株CRF01AE所占比例最大,其次是CRF07BC占22%,CRF08BC仅占5%；MSM人群中HIV-1毒株亚型分布与其它人群相比存在显着差异。与其它传播途径进行系统进化树分析,结果发现而男男性行为人群在系统树上却明显聚在一起,该人群中流行的毒株出现隔离。Gag区基因片段平均遗传距离由大到小分别为B亚型、CRF01AE、CRF07BC、BC亚型以及CRF08BC,推测B亚型是云南最早流行的毒株、其次是CRF01AE,env区基因片段也得到同样的结论。MSM人群env区及gag区基因片段平均遗传距离均小于其他高危人群中流行毒株,说明MSM人群中HIV的流行时间晚于其他人群,或者说这些毒株是最近进入MSM人群中开始流行的。重组分析结果表明,新重组毒株与云南既往曾经流行的C、B、CRF08BC, CRF07BC、CRF01AE同源,可能是原有毒株在云南的重组。env区基因片段遗传多样性分析表明,同性性传播潜在的PNGS数低于异性性接触人群和注射吸毒人群；CRF07BC重组型毒株中,注射吸毒人群潜在PNGS频率高于同性传播及异性接触传播人群。V3-V4区序列特征性氨基酸分析结果表明,异性性传播者氨基酸多态性最丰富,其次是MSM人群,均高于IDU人群。云南流行的毒株V3环顶端四肽共有6种类型:GPGR、GPGH、GLGQ、GPGQ、GPGK和GQGR,其中95.0%均为GPGQ型。辅助受体预测结果显示,CRF07BC、CRF08BC以及B亚型主要利用CCR5作为辅助受体,在三种流行毒株中占90%以上,CRF01AE亚型毒株60.9%被预测为能够使用CXCR4辅助受体,但预测的准确性尚需进一步验证。结论：MSM人群年轻化,是壮劳力及性活跃程度较高的人群,HIV感染的风险较大；MSM人群受教育程度普遍较高,但知识与行为分离,安全套的使用率较低,MSM普遍的多性伴、同性及异性性行为共存及吸毒现象等艾滋病相关的危险行为使该人群成为HIV由高危人群向一般人群扩散的“桥梁人群”。该人群中同性商业性行为的广泛存在会加剧艾滋病的流行。MSM人群医疗卫生资源利用率低,如果没有有效的干预措施,随着MSM人群HIV感染率的增加,MSM人群普遍存在的危险行为将加速中国艾滋病的流行；MSM人群HIV感染率较高,且与HSV-2、梅毒、丙肝及其它性传播疾病合并感染现象较普遍,艾滋病的防治同时加强性病及其它血播性疾病的防制。CRF01AE在性接触传播人群中流行,应注意加强对该人群的干预以降低HIV-1的流行；由于新重组株主要在云南疫情最重的德宏和其邻近地区分布,且有进步向内地扩散的趋势,应加强对德宏邻近地区的防治,以免新型重组毒株流行范围扩大；MSM人群主要流行CRF01AE,其次是CRF07BC,如果得不到有效控制,则CRF01AE和CRF07BC在该人群大范围扩散,并与其他亚型毒株重组,通过该“桥梁人群”再次播散到普通人群。
苏擘[9]（2005）在《华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究》文中研究指明1.我国中部河南省和湖北省有偿供血人群中HIV-1的分子流行病学研究 自从HIV-1传入我国以来在我国的传播速度速度日益增长,范围越来越广。在河南和湖北等省许多地区,通过有偿供血感染HIV-1的人群引起了社会各界的广泛关注。为了研究河南和湖北省有偿供血人群中流行的HIV-1的遗传背景,我们对在2000年-2004年收集的标本进行了分子流行病学的分析。在收集的标本中69份来自河南和湖北省不同地区的有偿供血人员。通过对HIV-1gag的系统进化分析,我们发现在这两省有偿供血人群中流行的HIV-1遗传距离非常接近,河南省内流行的为3.8±0.8,湖北的为4.2±0.9,小于云南省的5.6,并且都与以前在云南省发现的YN.RIA2毒株相近,都为B’亚型病毒。对病毒的env以及pol片段的分析也显示了同样的结果。而且在进化树上我们也没有看到病毒根据不同地区聚集在进化树不同分枝的现象。我们的结果显示,B’亚型病毒是河南和湖北省有偿供血人群中流行的主要病毒株,其来源相同,很可能是由云南传入,而且传入河南和湖北省的时间可能要早于07BC和08BC重组型病毒在云南德宏地区形成的时间。 与此同时我们也对北京、新疆等地流行的HIV-1做了分析。与在有偿供血人群中流行的HIV-1不同,北京通过性传播感染的HIV-1主要是欧美B亚型病毒,新疆吸毒人群中流行的主要是07BC重组型病诲。
李四乐[10]（2019）在《2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究》文中进行了进一步梳理[目的]了解云南省德宏州陇川县2017年新报告人类免疫缺陷病毒Ⅰ型（Human Immunodeficiency Virus 1 Type,HIV-1）阳性人群HIV基因亚型分布,明确该地区HIV-1毒株的分子流行特征;了解2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群基因亚型流行重组与变异情况,分析病毒的跨境传播、病毒的变化;了解2017年陇川县新报告HIV-1未接受抗病毒治疗人群原发耐药的流行状况,探索HIV-1流行亚型与耐药发生和流行的关系,为今后该地HIV的跨境传播防控和抗病毒治疗方案的制定提供科学依据。[方法]本次研究采用横断面调查方法,对2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群特征进行流行病学分析。通过采集血样,分离血浆后提取核酸,使用RT-PCR和Nested-PCR扩增HIV-1 5’ LRT-pol基因序列片段,扩增产物送至擎科公司测序,测序结果使用Lasergene软件包中的SeqMan应用程序对序列进行拼接和处理;从美国Los Alamos实验室HIV核酸数据库下载亚型参考序列与扩增获得的序列合并后,使用在线工具进行比对,运用MEGA软件采用最大似然比法构建进化树;对可能发生重组的毒株基因序列用SimPlot软件进行重组分析;将5’LRT-pol基因序列上传到美国斯坦福大学耐药数据库进行耐药分析,用SPSS软件对2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群流行病学特征和分子流行病学资料进行分析。[结果]1.2017年陇川县新报告HIV-1阳性者共156人。人口学分析结果显示:男性116人,女性40人,男女比2.9:1.0;平均年龄33.3±11.1岁,年龄主要集中在20-30岁组（41.03%）;以景颇族（39.10%）、已婚者（52.56%）、文盲（63.46%）、异性性传播（67.31%）途径为主;确诊后首次CD4细胞计数平均值为392.4±255.5/mm3。其中中国籍53（33.97%）人,缅甸籍103（66.03%）人。中国籍和缅甸籍HIV-1阳性者均以男性、农民为主,中国籍HIV-1阳性者的平均年龄为39.6±13.4岁,以德昂族（47.17%）、已婚者（69.81%）、小学文化（43.40%）、异性性传播（90.57%）途径为主;缅甸籍HIV-1阳性者平均年龄为30.1±8.1岁,以景颇族（42.72%0）、未婚者（49.51%）、文盲（86.41%）、异性性传播（55.34%）途径为主。2.本研究获得有效5’LRT-pol基因序列110条。系统进化和重组分析显示:陇川县流行超过10种HIV-1基因亚型,包括2种亚型,10种CRFs和3种不同类型的URFs。其中以URF居首位,占52.73%0,其他亚型依次为CRF01AE（16.36%0）、B亚型（7.27%）、C亚型（6.36%）、CRF62BC（3.64%）、CRF08BC（3.64%）、CRF57BC（3.64%）、CRF87cpx（1.82%）、CRF07BC（0.91%0）、CRF5501B（0.91%）、CRF64BC（0.91%）、CRF65cpx（0.91%）、CRF96cpx（0.91%）。3.在110个序列中,中国籍扩增及测序成功35个样本,其中URFs同样居于首位,占28.57%,其次为CRF01AE（20.00%）。缅甸籍扩增及测序成功75个样本,也以URFs为首位,占64.00%,其次为CRF01AE（14.67%）。4.陇川县HIV-1基因亚型相关人口学特征进行Logistic多因素分析结果表明,女性感染CRF01AE的风险是男性的5.27倍（P<0.05）,已婚者感染CRF01AE的风险是未婚者的0.17倍（P<0.05）。缅籍HIV-1阳性者感染URF的风险是中国籍HIV-1阳性者的3.03倍（P<0.05）,异性性传播途径感染URF的风险是注射吸毒传播途径的0.28倍（P<0.05）5.110份序列耐药分析结果显示:有10条序列检出对NRTIs、PIs、NNRTIs三类抗病毒药物不同程度的耐药,耐药发生率为9.09%。缅甸籍耐药发生率为10.67%,中国籍耐药发生率为5.71%。在10个HIV/AIDS病例中有3个病例出现高度耐药,1例中度耐药,其余病例则表现为低度耐药。6.本研究在5种HIV-1 基因型（URF、CRF08BC、CRF57BC、CRF01-AE、C）中发现耐药毒株,且产生高度耐药的3个样本基因型为URF,均为缅甸籍病例。HIV-1基因型耐药检出率依次为CRF08BC为25.00%（1/4）、CRF57BC为25.00%（1/4）、C亚型为 14.29%（1/7）、URF为 10.34%（6/58）。[结论]2017年陇川县新报告HIV-1阳性者以缅甸籍、异性性传播途径感染为主。陇川县HIV-1基因亚型复杂多样,本次在陇川县共流行超过10种HIV-1基因亚型,包括2种亚型,10种CRFs和3种不同类型的URFs,其中以URF居首位,其次为CRF01-AE。HIV-1基因亚型相关人口学特征多因素分析结果表明,缅甸籍、注射吸毒途径感染HIV-1阳性者感染URF的风险显着高于其他人群。应加强注射吸毒和缅籍人群HIV-1基因亚型动态监测。陇川县HIV-1基因亚型以未知独特重组型为主,本研究对陇川县110条序列系统进化和重组分析显示:有58条序列不与已知亚型聚在一起或有相同的重组结果,在58条序列中有35条序列有两条及以上或与已知BC重组有相同的重组结构,为潜在的新CRFs,需后续扩增全基因验证。陇川县属于HIV-1原发耐药的中度流行区,该地区出现对NRTIs、PIs和NNRTIs三类抗病毒药物不同程度的耐药,以低度耐药为主,但在耐药病例中存在高度和中度耐药病例,且均为缅甸籍病例。因此,应加强监测和掌握该地耐药情况,特别是针对缅甸籍人群。不同亚型耐药突变发生不同,本研究发现,5种HIV-1基因型（URF、CRF08BC、CRF57BC、CRF01AE、C）中有耐药毒株产生,HIV-1基因型耐药检出率依次为CRF08BC、CRF57BC、C、URF。
二、云南瑞丽长期静脉吸毒人群人免疫缺陷病毒1型感染者毒株env V3区序列测定（论文开题报告）
（1）论文研究背景及目的
此处内容要求：
首先简单简介论文所研究问题的基本概念和背景，再而简单明了地指出论文所要研究解决的具体问题，并提出你的论文准备的观点或解决方法。
写法范例：
本文主要提出一款精简64位RISC处理器存储管理单元结构并详细分析其设计过程。在该MMU结构中,TLB采用叁个分离的TLB,TLB采用基于内容查找的相联存储器并行查找,支持粗粒度为64KB和细粒度为4KB两种页面大小,采用多级分层页表结构映射地址空间,并详细论述了四级页表转换过程,TLB结构组织等。该MMU结构将作为该处理器存储系统实现的一个重要组成部分。
（2）本文研究方法
调查法：该方法是有目的、有系统的搜集有关研究对象的具体信息。
观察法：用自己的感官和辅助工具直接观察研究对象从而得到有关信息。
实验法：通过主支变革、控制研究对象来发现与确认事物间的因果关系。
文献研究法：通过调查文献来获得资料，从而全面的、正确的了解掌握研究方法。
实证研究法：依据现有的科学理论和实践的需要提出设计。
定性分析法：对研究对象进行“质”的方面的研究，这个方法需要计算的数据较少。
定量分析法：通过具体的数字，使人们对研究对象的认识进一步精确化。
跨学科研究法：运用多学科的理论、方法和成果从整体上对某一课题进行研究。
功能分析法：这是社会科学用来分析社会现象的一种方法，从某一功能出发研究多个方面的影响。
模拟法：通过创设一个与原型相似的模型来间接研究原型某种特性的一种形容方法。
三、云南瑞丽长期静脉吸毒人群人免疫缺陷病毒1型感染者毒株env V3区序列测定（论文提纲范文）
（1）浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 1 引言 |
| 2 实验材料和方法 |
| 2.1 研究对象和样本处理 |
| 2.2 实验仪器、试剂和耗材 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 序列结果分析 |
| 2.5 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 研究样本的分布与特征 |
| 3.2 浙江省HIV-1亚型分布情况 |
| 3.3 浙江省流行毒株的进化分析 |
| 3.4 同性恋和异性恋人群HIV-1流行特征分析 |
| 3.5 浙江省HIV-1毒株传播关系分析 |
| 3.6 新的重组毒株的发现和验证 |
| 4 讨论 |
| 5 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 作者简历及在读期间所取得的科研成果 |
（2）我国HIV-1主要流行地区B’亚型与CRF07BC重组毒株遗传变异分析（论文提纲范文）
| 摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 引言 |
| 1.HIV病毒 |
| 2.HIV的病毒形态,结构和蛋白功能 |
| 3.HIV的复制周期 |
| 4.HIV-1的起源和进化 |
| 5.HIV基因的变异 |
| 6.HIV的分型 |
| 7.HIV-1在全球的流行情况 |
| 8.HIV-1在中国的流行情况 |
| 9.本论文的目的内容和意义 |
| 第二部分 实验材料和方法 |
| (一) 实验材料 |
| 1.主要仪器和设备 |
| 2.主要试剂 |
| 3.软件和分析工具 |
| (二) 实验方法 |
| 1.样本采集和处理 |
| 2.核酸提取 |
| 3.扩增及测序引物 |
| 4.基因扩增 |
| 5.PCR扩增产物纯化回收 |
| 6.PCR产物的测序 |
| 7.序列分析方法 |
| 第三部分 实验结果 |
| 1.判定样本的基因型 |
| 2.遗传多样性 |
| 3.特征性氨基酸的分析 |
| 4.gp120基因氨基酸序列分析 |
| 5.河南山西地区B’亚型毒株抗原表位的分析 |
| 6.新疆地区CRF07_BC重组毒株gag基因P6区段氨基酸缺失的分析 |
| 第四部分 讨论 |
| 1.我国HIV-1主要流行地区流行状况 |
| 2.B’亚型和CRF07_BC重组毒株的遗传多样性 |
| 3.B’亚型和CRF07_BC重组毒株的特征性氨基酸 |
| 4.B’亚型和CRF07_BC重组毒株病毒生物学特性预测 |
| 5.HIV-1主要流行地区B’亚型毒株抗原表位分析 |
| 6.CRF07_BC重组毒株gag p6序列中部区域缺失的分析 |
| 第五部分 结论 |
| 参考文献 |
| 已发表和撰写的文章 |
| 致谢 |
| 附录 |
（3）云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1. 研究背景与意义 |
| 2. 研究现状 |
| 3. 研究目标 |
| 材料与方法 |
| 1. 调查对象及样本量 |
| 2. 研究内容 |
| 3. 现场调查方法 |
| 4. 实验室检测 |
| 5. 质量控制 |
| 6. 技术路线 |
| 7. 伦理学考虑 |
| 结果 |
| 1. 研究对象的相关特征 |
| 2. 云南边境地区HIV-1基因分布特征 |
| 3. 云南边境地区的HIV原发性耐药 |
| 讨论 |
| 1. 云南边境地区HIV感染者传播HIV的风险 |
| 2. 云南边境地区HIV-1基因分布特征 |
| 3. 云南边境地区HIV原发性耐药 |
| 结论 |
| 1. 云南边境地区HIV感染者在确诊前传播HIV风险大 |
| 2. 云南边境地区HIV-1基因型种类多,分布特征复杂 |
| 3. 云南边境地区HIV原发性耐药流行率达中度水平 |
| 4. 需进一步加强云南边境地区HIV防控 |
| 本研究的创新点 |
| 参考文献 |
| 附录: 新报告HIV感染者问卷调查表 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
（4）云南和广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 我国云南省HIV-1 基因变异和分子进化特征研究材料和方法 |
| 实验材料 |
| 实验方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第二部分 广西壮族自治区HIV-1 基因变异和分子进化特征研究材料和方法 |
| 标本及来源 |
| 实验仪器和实验方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 第三部分 广西HIV-1 主要流行亚型与云南的传播关系及其起源时间材料和方法 |
| 研究对象 |
| 实验方法 |
| 结果 |
| 讨论 |
| 结论 |
| 参考文献 |
| 综述 |
| 参考文献 |
| 论着 |
| 个人简历 |
| 致谢 |
（6）HIV基因变异研究及其在艾滋病防治中的应用（论文提纲范文）
| 致谢 |
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 英文缩略词表 |
| 1 绪论 |
| 1.1 国内外HIV-1流行传播状况 |
| 1.2 HAART治疗后免疫重建状况 |
| 1.3 HIV-1共受体使用的临床意义 |
| 1.4 目前国内外MSM人群HIV感染现状 |
| 1.5 本研究总体设计 |
| 1.6 参考文献 |
| 2 第一章 浙江大学附属第一医院2013-2017年HIV分子流行病学研究 |
| 2.1 引言 |
| 2.2 主要实验材料和仪器 |
| 2.3 实验方法 |
| 2.4 实验结果 |
| 2.5 讨论 |
| 2.6 结论 |
| 2.7 参考文献 |
| 3 第二章 我国HIV-1感染者自报传播途径可信度研究 |
| 3.1 引言 |
| 3.2 主要实验材料和仪器 |
| 3.3 实验方法 |
| 3.4 实验结果 |
| 3.5 讨论 |
| 3.6 结论 |
| 3.7 参考文献 |
| 4 第三章 HIV基因型和表型差异对抗病毒治疗效果的影响及机制研究 |
| 4.1 引言 |
| 4.2 主要实验材料和仪器 |
| 4.3 实验方法 |
| 4.4 实验结果 |
| 4.5 讨论 |
| 4.6 结论 |
| 4.7 参考文献 |
| 综述 高基线CD4 T细胞计数的HIV-1感染者抗病毒治疗状况 |
| 参考文献 |
| 作者简介 |
（7）四川和新疆HIV-1 CRF07BC遗传多样性和流行趋势研究（论文提纲范文）
| 缩略语 |
| 中文摘要 |
| 英文摘要 |
| 前言 |
| 第一部分 个体水平CRFO7_BC遗传多样性研究 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第二部分 群体水平CRFO7_BC遗传多样性研究 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 第三部分 四川和新疆CRFO7_BC流行趋势和遗传动态研究 |
| 材料与方法 |
| 实验结果 |
| 讨论 |
| 总结 |
| 综述:HIV-1 CRFO7_BC重组毒株的起源和分子流行病学研究进展 |
| 参考文献 |
| 个人基本情况 |
| 博士研究生期间发表论文及参加会议 |
| 致谢 |
（8）MSM人群HIV-1感染的影响因素及云南省HIV-1分子流行病学研究（论文提纲范文）
| 中文摘要 |
| Abstract |
| 第一部分 前言 |
| 1、全球及国内流行概况 |
| 2、云南省HIV-1流行情况 |
| 3、MSM人群AIDS流行情况 |
| 4、AIDS/HIV感染的防治困难和挑战 |
| 5、HIV的病毒学特点 |
| 6、HIV-1分子流行病学研究现状 |
| 7、我国HIV-1分子流行病学研究进展 |
| 8、云南HIV-1分子流行病学现状 |
| 第二部分 MSM人群HIV感染相关因素研究 |
| 1 研究背景 |
| 2 研究方法及路线 |
| 2.1 研究对象 |
| 2.2 调查方法 |
| 2.3 知情同意 |
| 2.4 调查问卷 |
| 2.5 实验室检测 |
| 2.6 数据处理及分析 |
| 2.7 质量控制 |
| 2.8 技术路线 |
| 3 研究结果 |
| 3.1 研究对象的人口社会学特征 |
| 3.2 研究对象AIDS知识知晓率情况 |
| 3.3 研究对象获得预防AIDS服务情况 |
| 3.4 研究对象同性性行为情况 |
| 3.5 研究对象的异性性行为情况 |
| 3.6 研究对象的商业性行为及吸毒行为情况 |
| 3.7 研究对象的性病相关情况 |
| 3.8 调查对象HIV、梅毒、HCV、HSV-2感染情况 |
| 3.9 男男性行为人群HIV感染的相关因素 |
| 4 讨论 |
| 4.1 研究对象的代表性 |
| 4.2 人口社会学特征 |
| 4.3 相关知识与态度与HIV感染的关系 |
| 4.4 艾滋病及性病预防服务及医疗卫生资源获得情况 |
| 4.5 MSM性行为情况 |
| 4.6 吸毒行为情况 |
| 4.7 HIV、梅毒、HCV、HSV-2及性病感染情况 |
| 4.8 男男性行为人群HIV感染的相关因素 |
| 5 结论 |
| 第三部分 云南省HIV-1分子流行病学研究 |
| 1 背景 |
| 2 材料方法 |
| 2.1 抽样 |
| 2.2 实验设备 |
| 2.3 HIV分子流行病学调查基检测方法 |
| 2.4 序列数据清理和分析 |
| 2.5 统计分析 |
| 3 结果 |
| 3.1 调查研究对象资料分析 |
| 3.2 亚型分析 |
| 3.3 系统进化树分析 |
| 3.4 遗传距离分析 |
| 3.5 gag区基因片段的重组分析 |
| 3.6 env区基因片段遗传多样性分析 |
| 3.7 env基因V3-V4区序列特征性氨基酸分析 |
| 3.8 V3环顶端四肽特征 |
| 3.9 辅助受体预测 |
| 4 讨论 |
| 4.1 云南省HIV/AIDS的防治及对国内AIDS防治的影响 |
| 4.2 云南省分子流行病学研究样本代表性 |
| 4.3 云南省HIV-1流行及对我国AIDS传播的影响 |
| 4.4 HIV-1感染人群的变化 |
| 4.5 遗传距离分析 |
| 4.6 gag区基因片段的重组分析 |
| 4.7 env区基因片段的生物学特征预测 |
| 5 小结 |
| 全文小结 |
| 不足之处及进一步研究方向 |
| 参考文献 |
| 附件 |
| 研究生期间发表论文 |
| 致谢 |
| 学位论文统计合格证明 |
（9）华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究（论文提纲范文）
| 第一部分 文献综述 |
| 第一章 人类免疫缺陷病毒(HIV)简介 |
| 第一节 HIV-1的生活周期 |
| 第二节 HIV-1编码的蛋白 |
| 1.2.1.基质蛋白(MA,matrix/p17) |
| 1.2.2.衣壳蛋白(CA,capsid/p24) |
| 1.2.3.核衣壳(NC,nucleocapsid) |
| 1.2.4.p6蛋白 |
| 1.2.5.蛋白酶(PR,protease) |
| 1.2.6.逆转录酶(RT,reverse transcriptase) |
| 1.2.7.整合酶(IN,integrase) |
| 1.2.8.HIV-1表面膜蛋白(SU,surface/gp120)和跨膜蛋白(TM,transmembrane/gp41) |
| 1.2.9.Tat(Transactivator) |
| 1.2.10.Rev(Regulator of viral protein) |
| 1.2.11.Vpu(Viral protein U) |
| 1.2.12.Nef |
| 1.2.13.Vif(viral infectivity factor) |
| 1.2.14.Vpr(viral protein R) |
| 第二章 HIV-1的分子流行病学 |
| 第一节 HIV的分类和命名 |
| 第二节 HIV基因型的鉴定方法 |
| 第三节 HIV-1在全球的流行情况概述 |
| 第四节 HIV在我国的流行 |
| 第三章 HIV-1耐药性检测 |
| 第一节 HIV-1耐药性 |
| 3.1.1.HIV-1耐药性突变的产生 |
| 3.1.2.对HIV-1蛋白酶抑制剂(PIs)的耐药性突变 |
| 3.1.3.针对HIV-1逆转录酶抑制剂的突变 |
| 3.1.4.与HIV-1融合抑制剂有关的突变 |
| 第二节 HIV-1耐药性的检测方法 |
| 3.2.1.HIV-1样品的来源 |
| 3.2.2.耐药性病毒的表型检测(Phenotypic drug susceptibility testing) |
| 3.2.3.HIV-1基因型检测(HIV-1 Genotypic testing) |
| 3.2.4.多克隆及群基础上的测序分析(Clonal and Population-based sequencing) |
| 第三节 序列的分析 |
| 3.3.1.斯坦福大学逆转录酶和蛋白酶序列数据库 |
| 3.3.2.非B亚型序列的分析 |
| 第二部分 实验研究 |
| 第四章 HIV-1的分子流行病学研究 |
| 一、实验材料和方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.实验仪器、试剂和耗材 |
| 3.实验方法 |
| 3.1.从血液中提取基因组DNA(Gentra Genomic DNA Purification Kit) |
| 3.2.PCR扩增gag和env片断 |
| 3.3.PCR产物的回收和纯化(Qiaquick Extraction kit回收) |
| 3.4.PCR产物的T-A克隆 |
| 3.5.菌种的培养和保藏 |
| 3.6.质粒DNA的提取 |
| 3.7.质粒的转化 |
| 3.8.质粒酶切鉴定 |
| 3.9.序列的测定 |
| 3.10.系统进化分析 |
| 二、实验结果 |
| 1.河南和湖北两省有偿供血人群中HIV-1的分子流行病学 |
| 2.新疆、北京等地HIV-1的分子流行病学 |
| 三、讨论 |
| 第五章 HIV-1耐药性突变检测 |
| 第一节.抗病毒治疗前耐药性突变分析 |
| 一、实验材料和方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.实验试剂 |
| 3.实验方法 |
| 3.1.血浆的分离 |
| 3.2.血浆中病毒RNA的提取(High Pure Viral RNA Kit,Roche公司) |
| 3.3.RT-PCR荧光定量PCR检测病毒载量(深圳匹基生物工程有限股份公司) |
| 3.4.RT-PCR扩增与耐药性突变相关基因 |
| 3.5.耐药性HIV-1基因型分析 |
| 3.6.统计分析 |
| 二、实验结果 |
| 1.HIV-1毒株系统进化分析 |
| 2.与蛋白酶抑制剂相关的次突变 |
| 3.与蛋白酶抑制剂相关的主突变 |
| 4.与逆转录酶抑制剂相关的突变 |
| 5.病毒基因型与耐药性突变的关系 |
| 三、讨论 |
| 1.对HIV-1蛋白酶和逆转录酶的系统进化分析 |
| 2.耐药性突变 |
| 第二节 开展抗病毒治疗后湖北省HIV-1感染者中体内病毒耐药性突变分析 |
| 一、试验材料和方法 |
| 1.研究对象 |
| 2.实验试剂和方法 |
| 二、实验结果 |
| 1.RT片断的系统进化分析 |
| 2.耐药性突变株的产生 |
| 三、讨论 |
| 第三部分 研究总结 |
| 参考文献： |
| 博士期间发表论文 |
| 致谢 |
（10）2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究（论文提纲范文）
| 缩略词表 |
| 中文摘要 |
| ABSTRACT |
| 前言 |
| 1.研究背景 |
| 1.1 HIV-1感染现状 |
| 1.2 HIV-1基因亚型流行特征 |
| 1.3 HIV-1耐药研究现状 |
| 2.研究的目的和意义 |
| 2.1 研究目的 |
| 2.2 研究意义 |
| 材料与方法 |
| 1.研究对象 |
| 1.1 对象来源 |
| 1.2 对象纳入标准 |
| 2.研究内容 |
| 3.实验设备与试剂 |
| 3.1 实验设备 |
| 3.2 实验试剂 |
| 4.分析工具 |
| 5.伦理学原则 |
| 6.研究方法 |
| 6.1 技术路线 |
| 6.2 流行病学调查 |
| 6.3 样本初步处理和保存 |
| 6.4 HIV-1 5' LRT-pol基因片段扩增与测序 |
| 6.5 基因序列数据整理与分析 |
| 6.6 统计分析 |
| 7.质量控制 |
| 7.1 现场调查采样阶段 |
| 7.2 实验阶段 |
| 结果 |
| 1.人口统计学基本信息 |
| 2.HIV-1基因片段扩增测序结果 |
| 3.HIV-1系统进化分析结果 |
| 4.HIV-1流行重组毒株重组分析 |
| 5.HIV-1基因亚型分布 |
| 6.中国籍与缅甸籍HIV-1阳性人群基因亚型差异 |
| 7.HIV-1独特重组型毒株重组分析 |
| 8.HIV-1基因亚型人口学特征Logistic回归分析 |
| 9.基因型耐药突变与发生 |
| 9.1 基因型耐药在人群中的分布 |
| 9.2 基因型耐药情况 |
| 9.3 HIV-1基因型与耐药发生情况 |
| 9.4 RP区和RT区耐药突变位点与亚型的关系 |
| 讨论 |
| 1.陇川县HIV-1阳性人群流行病学特征 |
| 2.系统进化和重组分析情况 |
| 3.核酸阳性者基因型分布特征 |
| 4.缅甸籍与中国籍核酸阳性者基因亚型分布特征 |
| 5.HIV-1基因亚型分布影响因素 |
| 6.基因耐药突变与耐药发生 |
| 7.HIV-1基因亚型与耐药发生 |
| 结论 |
| 建议 |
| 研究创新点与局限性 |
| 1.研究创新点 |
| 2.研究局限性 |
| 参考文献 |
| 附录1 陇川县HIV-1毒株图谱 |
| 综述 |
| 鲜文献 |
| 攻读学位期间获得的学术成果 |
| 致谢 |
四、云南瑞丽长期静脉吸毒人群人免疫缺陷病毒1型感染者毒株env V3区序列测定（论文参考文献）
- [1]浙江省2004-2011年HIV-1流行毒株的传播和进化研究[D]. 姚亚萍. 浙江大学, 2013(03)
- [2]我国HIV-1主要流行地区B’亚型与CRF07BC重组毒株遗传变异分析[D]. 宋艳辉. 中国科学院研究生院（武汉病毒研究所）, 2007(02)
- [3]云南边境地区HIV-1亚型与原发性耐药基因突变分析[D]. 韦焘. 昆明医科大学, 2018(05)
- [4]云南和广西HIV-1流行毒株的基因变异和分子进化研究[D]. 陈立力. 中国人民解放军军事医学科学院, 2011(07)
- [5]云南瑞丽人免疫缺陷病毒感染者gp120基因C2-V3区的序列测定和亚型分析[J]. 管永军,陈钧,邵一鸣,赵全壁,曾毅,张家鹏,段一娟,Ｊｏｓｅｆ Ｋｏｓｔｌｅｒ,Ｈａｎｓ Ｗｏｌｆ. 中华实验和临床病毒学杂志, 1997(01)
- [6]HIV基因变异研究及其在艾滋病防治中的应用[D]. 孙佳. 浙江大学, 2020(01)
- [7]四川和新疆HIV-1 CRF07BC遗传多样性和流行趋势研究[D]. 辛若雷. 中国疾病预防控制中心, 2009(01)
- [8]MSM人群HIV-1感染的影响因素及云南省HIV-1分子流行病学研究[D]. 苏莹珍. 南方医科大学, 2011(04)
- [9]华中地区I型人类免疫缺陷病毒（HIV-1）分子流行病学及耐药基因型的研究[D]. 苏擘. 武汉大学, 2005(05)
- [10]2017年陇川县新报告HIV-1阳性人群HIV基因亚型分布及耐药性研究[D]. 李四乐. 昆明医科大学, 2019(06)